El Pardo continuó siendo la residencia de invierno de los monarcas españoles y testigo de excepción de momentos históricos. Felipe IV anuló en El Pardo la privanza y poderío del Conde-Duque de Olivares. Felipe IV mandó transformar y ampliar la Torre de la Parada, una construcción en el monte que hoy está en ruinas, pero que en su día albergó importantes obras pictóricas.
En El Pardo se celebraron Fiestas nupciales. Aquí posaron unos días antes de sus bodas las reinas María Josefa Amalia de Sajonia, quien se casaría con Fernando VII (1819), María Cristina de Habsburgo-Lorena, con Alfonso XII (1880) y Victoria Eugenia de Battemberg, con Alfonso XIII (1906).
En el Palacio de El Pardo falleció Alfonso XII en 1885. También vivió en nuestra localidad el pintor Francisco de Goya Lucientes. Durante muchos años ocupó la antigua Casa de Postas que se situaba en la plaza del pueblo.
En 1869 se crearon los Asilos de Mendicidad de San Juan y Santa María (actuales cuarteles de la Guardia Real) y, por iniciativa de Alfonso XIII, un campo de experimentación y desarrollo de cultivos agrícolas. El monarca también fue socio de una cooperativa de consumos, cuya creación facilitó extraordinariamente la vida en El Pardo.
En el siglo XIX El Pardo se convierte en pueblo, siendo un municipio del partido judicial de San Lorenzo de El Escorial, provincia y diócesis de Madrid. (Ver De pueblo a barrio)
También en el Palacio de El Pardo se celebró la formalización del compromiso con la pedida de mano de los actuales reyes Felipe VI y Letizia (2003) y la cena de gala previa a su boda (2004).